En un pequeño pueblo de un estado sureño de los Estados Unidos desaparecen tres activistas por los derechos civiles que luchan por los derechos de igualdad. Dos de ellos son de raza blanca y uno de raza negra. El FBI encarga a dos agentes que investiguen el caso. Uno de ellos es Ward (Willem Dafoe), que procede del norte y es liberal, y el segundo es Anderson (Gene Hackman), ex sheriff en Mississippi, un hombre cínico que conoce la sociedad sureña. Cada uno de ellos tiene su propia idea de cómo solucionar este asunto, y juntos chocan contra un muro de silencio y de prejuicios raciales por parte de la población local. La película está basada en hechos reales.